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ナノ生体科学講座

1分子生物学研究室

上田 昌宏 教授 上田 昌宏 教授

キーワード:

一分子イメージング、数理モデル、細胞性粘菌、シグナル伝達、ゆらぎ

細胞における確率的な情報処理の仕組みを解明する

細胞は様々な生体分子から構成された複雑なシステムです。確率的にはたらく生体分子を要素として情報処理機能・運動機能などを有するシステムが自律的に組織化され、変動する環境に対して巧みに適応することができます。近年の1分子イメージング技術の進展により、細胞内の生体分子の振る舞いを直接観察し、その確率的特性を明らかにすることが可能になってきました。我々の研究室では、こうした1分子解析と数理モデリングの手法を用いて、細胞が示す巧みな情報処理機能や運動機能を実現するシステムの構築原理を1分子粒度の解像度で解明することを目指しています。

(左)細胞性粘菌Dictyostelium discoideumの走化性応答。(中)細胞内1分子イメージング装置。(右)PTEN分子の1分子画像。白い1点1点がPTEN1分子である。

メンバー

上田 昌宏 教授 masahiroueda[at]fbs.osaka-u.ac.jp
橘木 修志 准教授 banaki[at]fbs.osaka-u.ac.jp
松岡 里実 助教 matsuoka[at]fbs.osaka-u.ac.jp

研究者の詳細を大阪大学研究者総覧Research Mapで検索できます。

  • ※メールアドレスの[at]は@に変換してください

Q&A

現在注目しているテーマは何ですか?
我々は、細胞の情報処理機能や運動機能が生体分子の反応ネットワークのダイナミクスによって自発的に生み出される仕組み(構築原理)と、その情報処理システムが確率的なゆらぎの影響を強く受けながらもノイズに対して頑強に機能したり、或いは、ノイズを利用しながら機能する仕組み(演算原理)に興味を持っています。こうした生体分子による確率的な演算の典型例として、これまで細胞性粘菌Dictyostelium discoideumにおける濃度勾配センシングと走性運動の情報処理に焦点をあて研究を進めてきました。本研究グループでは、1分子イメージングなどを含む最先端の計測技術と理論・高性能計算機を用いた数理モデリング、および、細胞機能の再構成技術を組み合わせることにより、細胞の情報処理を担うシステムの構築原理と演算原理の理解を目指した新しい研究手法の開発を行ないます。
最新のブレイクスルー、研究成果について教えてください。
1分子イメージングは、分子を蛍光によって光らせることで可視化し、細胞で働く個々の分子動態を直接観察する手法ですが、この手法は高倍率の光学顕微鏡での焦点合わせや、観察に最適な細胞の探索など、経験を積んだ研究者の手作業に頼る過程が多く、大量のデータ取得が求められる研究への利用には向いていませんでした。最近我々は、深層学習などの人工知能技術とロボット技術を利用し、顕微鏡の操作から薬剤添加、細胞観察、画像解析に至る一連の計測・解析過程を自動化した細胞計測システムを開発しました。細胞から1分子解像度の画像データを自動で取得し、自動で分子動態を解析できます。また、膨大なデータ解析により統計精度が向上したことで、タンパク質の動き方を指標とした薬剤の評価も可能になりました。
どのようなバックグラウンドを持つメンバーで研究をすすめていますか?
生物学、工学、物理学、化学、数学、情報科学など。
国内外の研究機関との連携について教えてください。
理化学研究所生命機能科学研究センターとは2011年から密な共同研究を実施。海外では、Peter N. Devreotes氏、Miho Iijima氏(Johns Hopkins University)、Tian Jin氏(NIH)、Peter van Haastert氏(Univ. Groningen)らと長く共同研究を行なっている。研究内容としては細胞内シグナル伝達系のイメージング解析や1分子イメージング法の開発など。
研究室から巣立った人たちはどのような道を歩まれていますか?
アカデミアの研究者、製薬企業の研究者、ベンチャー企業の起業家、その他。
今後どんな展開が期待されますか?
我々の研究は、極めて基礎的な研究なので先々を見通すことは難しいです。希望としては、細胞の機能発現のしくみを個々の生体分子の相互作用の時空間動態として理解できるようになりたいです。

研究成果

論文、総説、著書

2020年

Daisuke Yoshioka, Seiya Fukushima, Hiroyasu Koteishi, Daichi Okuno, Toru Ide, Satomi Matsuoka, Masahiro Ueda

Single-molecule imaging of PI(4,5)P 2 and PTEN in vitro reveals a positive feedback mechanism for PTEN membrane binding

Communications Biology 3(1):92  2020 PMID:32111929 DOI:10.1038/s42003-020-0818-3

Haruka Hiraoka, Tadashi Nakano, Satoshi Kuwana, Masashi Fukuzawa, Yasuhiro Hirano, Masahiro Ueda, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka

Intracellular ATP levels influence cell fates in Dictyostelium discoideum differentiation

Genes Cells 25(5):312-326  2020 PMID:32125743 DOI:10.1111/gtc.12763

Shinichi Yamazaki, Hidenori Hashimura, Yusuke V. Morimoto, Yukihiro Miyanaga, Satomi Matsuoka, Yoichiro Kamimura and Masahiro Ueda

Talin B regulates collective cell migration via PI3K signaling in Dictyostelium discoideum mounds

Biochem. Biophys. Res. Commun. 525(2):372-377  2020 PMID:32098673 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.02.060

Michio Hiroshima, Masato Yasui, and Masahiro Ueda

Large scale single-molecule imaging aided by artificial intelligence

Microscopy 69(2):69-78  2020 PMID:32090254 DOI:10.1093/jmicro/dfz116

2019年

Asano T., Kawamura S., Tachibanaki, S.

Transducin activates cGMP phosphodiesterase by trapping inhibitory γ subunit freed reversibly from the catalytic subunit in solution.

Sci Rep 5.40625  2019 PMID:31076603 DOI:10.1038/s41598-019-43675-9

Fukushima, S., Matsuoka, S., and Ueda, M.

Excitable dynamics of Ras triggers spontaneous symmetry breaking of PIP3 signaling in motile cells

J. Cell Sci. 132:jcs.224121  2019 PMID:30745337 DOI:10.1242/jcs.224121

Hashimura, H., Morimoto, Y. V., Yasui, M. and Ueda, M.

Collective cell migration of Dictyostelium without cAMP oscillations at multicellular stages

Communications Biology 2:34  2019 PMID:30701199 DOI:10.1038/s42003-018-0273-6

2018年

Miyanaga, Y., Kamimura, Y., Kuwayama, H., Devreotes, P.N., and Ueda, M.

Chemoattractant receptors activate, recruit and capture G proteins for wide range chemotaxis

Biochem. Biophys. Res. Commun. 507:304-310  2018 PMID:30454895 DOI:10.1016/j.bbrc.2018.11.029

Tanabe, Y., Kamimura, Y., and Ueda, M.

Parallel signaling pathways regulate excitable dynamics differently to mediate pseudopod formation during eukaryotic chemotaxis

J. Cell Sci. 131:jcs214775  2018 PMID:30404836 DOI:10.1242/jcs.214775

Miyagawa, T., Koteishi, H., Kamimura, Y., Miyanaga, Y., Takeshita, K., Nakagawa, A., and Ueda, M.

Structural basis of Gip1 for cytosolic sequestration of G-protein in wide range chemotaxis

Nat. Commun. in press  2018 PMID:30401901 DOI:10.1038/s41467-018-07035-x

Matsuoka, S., and Ueda, M.

Mutual inhibition between PTEN and PIP3 generates bistability for polarity in motile cells

Nat. Commun. 3.486805556  2018 PMID:30367048 DOI:10.1038/s41467-018-06856-0

Yanagawa, M., Hiroshima, M., Togashi, Y., Abe, M., Yamashita, T., Shichida ,Y., Murata, M., Ueda, M. and Sako, Y.

Single-molecule diffusion-based estimation of ligand effects on G protein-coupled receptors

Sci. Signal. 11(548):eaao1917  2018 PMID:30228224 DOI:10.1126/scisignal.aao1917

Yasui M., Hiroshima M., Kozuka J., Sako Y., and Ueda M.

Automated single-molecule imaging in living cells

Nat. Commun. 2.500694444  2018 PMID:30076305 DOI:10.1038/s41467-018-05524-7

Pervin, M.S., Itoh, G., Talukder, M.S.U., Fujimoto, K., Morimoto, Y.V., Tanaka, M., Ueda, M., Yumura, S.

A study of wound repair in Dictyostelium cells by using novel laserporation

Sci Rep 8(1):7969  2018 PMID:29789591 DOI:10.1038/s41598-018-26337-0

Hiroshima M., Pack CG., Kaizu K., Takahashi K., Ueda M., and Sako Y.

Transient acceleration of epidermal growth factor receptor dynamics produces higher order signaling clusters

J. Mol. Biol. 430:1381-1396  2018 PMID:29505756 DOI:10.1016/j.jmb.2018.02.018

2017年

Sato R., Kozuka J., Ueda M., Mishima R., Kumagai Y., Yoshimura A., Minoshima M., Mizukami S. and Kikuchi K.

Intracellular protein-labeling probes for multicolor single-molecule imaging of immune receptor-adaptor molecular dynamics

J. Am. Chem. Soc. 139:17397-17404  2017 PMID:29119782 DOI:10.1021/jacs.7b08262

2016年

Satomi Matsuoka, Yukihiro Miyanaga, Masahiro Ueda

Multi-State Transition Kinetics of Intracellular Signaling Molecules by Single-Molecule Imaging Analysis

Methods in Molecular Biology 1407:361-379  2016 PMID:27271914 DOI:10.1007/978-1-4939-3480-5_25

Yoichiro Kamimura, Yukihiro Miyanaga, Masahiro Ueda

Heterotrimeric G-protein shuttling via Gip1 extends the dynamic range of eukaryotic chemotaxis.

Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 113:4356-4361  2016 PMID:27044073 DOI:10.1073/pnas.1516767113

求める人物像(学生の方へ)

当研究室の研究内容に興味があり、研究をしたいという強い意欲のある方。生き物が好きな方、細かな手作業やモノづくりが好きな方も歓迎します。出身大学や出身学部は一切問いません。

連絡先

〒565-0871 大阪府吹田市山田丘1-3
大阪大学大学院生命機能研究科 ナノバイオロジー棟4階 1分子生物学研究室
TEL: 06-6879-4611
E-mail: masahiroueda[at]fbs.osaka-u.ac.jp(上田 昌宏 教授)

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