分子構築グループ
研究紹介
べん毛構成蛋白質単体あるいは複合体の結晶化とそのX線結晶構造解析、あるはX線繊維回折法による繊維構造解析によって、べん毛軸構造複合体や、モータ回転子や固定子等の膜蛋白質複合体の分子構造解析を進めている。
軸構造蛋白質9個のうち4個については、その強い重合能力を支配する両末端を除去したフラグメントの結晶化という戦略が有効に働き、高分解能結晶構造が出そろいつつある。
<主な成果の例>





単一の蛋白質フラジェリンからなるべん毛繊維が、らせん型プロペラとして働くために緩やかに曲がったチューブ構造を形成する仕組みは、チューブ構造を作る11本の素繊維のうちに、52.7Åと51.9Åという2種類のわずかに異なるサブユニット周期を持つ素繊維構造が混在するためと考えられる。
フラジェリンの結晶構造解析結果からは、51.9Å周期の素繊維構造が明らかになった。そこで素繊維の超高精度スイッチ機構を探るため、この素繊維の原子模型を用いて計算機による素繊維伸長シミュレーションを行い、素繊維構造を構築するドメインのなかで、3本のαヘリックスと対になったβヘアピンがそのスイッチ本体であることを突き止めた。
Publications
1
Suzuki, H.; Yonekura, K.; Murata, K.; Hirai, T.; Oosawa, K.; Namba, K. (1998)
A structural feature in the central channel of the bacterial flagella FliF ring complex is implicated in Type III protein export. J. Struct. Biol. 124, 104-114.
2
Samatey, F.A.; Imada, K.; Vonderviszt, F.; Shirakihara, Y.; Namba, K. (2000)
Crystallization of the F41 fragment of flagellin and data collection from extremely thin crystals. J. Struct. Biol. 132, 106-111.
3
Samatey, F.A.; Imada, K.; Nagashima, S.; Vonderviszt, F.; Kumasaka, T.; Yamamoto, M.; Namba, K. (2001)
Structure of the bacterial fragellar protofilament and implications for a switch with sub-Å precision. Nature. 410, 331-337.
Namba Protonic NanoMachine Project, ERATO
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